Masjid Kapal Munzalan mulai dibangun pada tahun 2011 dan mulai beroperasi pada tahun 2012 atas parakarsa dari H.M.Nur Hasan dan H.Muhammad Arrahman. Nama asli masjid ini adalah Masjid Munzalan Mubarakan. Kedua masjid ini dikelola di bawah sebuah lembaga yang bernama Lembaga Masjid Munzalan Mubarakan.

Terdapat dua masjid yang dibangun oleh H.M.Nur Hasan dan H. Muhammad Arrahman pada tahun 2011-2012, yaitu Masjid Munzalan Mubarakan I yang terletak di Jalan Ampera Kota Pontianak, dan Masjid Munzalan Mubarakan II yang terletak di Jl. Sungai Raya Dalam Gg. Imaduddin, Kecamatan Sungai Raya, Kabupaten Kubu Raya. Kedua masjid tersebut memiliki bentuk yang sama yaitu berbentuk kapal.