Berikut ini cara pandang (paradigma) para pengurus Masjid Kapal Munzalan Indonesia dalam mengelola dan mengembangkan masjid:

• Bahwa masjid bukan sekedar bangunan akan tetapi fondasi perjuangan kejayaan dunia & akhirat.

• Bahwa bangunan masjid adalah pusat peradaban yang dibangun di atas tanah yang diserahkan kepada Allah.

• Bahwa masjid harus dipimpin oleh kepemimpinan yang solid.

• Bahwa masjid harus diurus oleh masyarakat yang terdidik, yaitu masyarakat yang tidak syirik dan tidak kufur.

• Masyarakat yang beriman kepada Allah, beriman kepada hari akhir, menegakkan shalat, menunaikan zakat, dan tidak takut kepada siapapun selain kepada Allah.

• Bahwa masjid nabawi yang dibangun oleh Rasulullah SAW harus menjadi teladan utama.

• Bahwa masjid dan lembaga-lembaga yang didirikan dilingkungan masjid diurus oleh para santri. Yang bukan santri tidak diperkenankan menjadi pengurus masjid.

• Masjid Kapal Munzalan Indonesia terdiri dari dua jenis yaitu Masjid Kapal Munzalan pusat, dan Masjid Kapal Munzalan cabang.

• Masjid Kapal Munzalan pusat disebut dengan Masjid Kapal Munzalan Indonesia. Masjid Kapal Munzalan daerah disebut dengan Masjid Kapal Munzalan + nama daerah.